Nová Ves u Českých Budějovic (okres České Budějovice, Jihočeský kraj).
Trať 199 České Budějovice – České Velenice.

Domoradice (část obce Český Krumlov, okres Český Krumlov, Jihočeský kraj).
Trať 194 České Budějovice – Černý Kříž.

Třeboň (okres Jindřichův Hradec, Jihočeský kraj).
Trať 226 Veselí nad Lužnicí – České Velenice.

Trocnov (okres České Budějovice, Jihočeský kraj).
Trať 199 České Budějovice – České Velenice.

Kamenný Újezd u Českých Budějovic (okres České Budějovice, Jihočeský kraj).
Trať 196 České Budějovice – Summerau.

Dzierźoniów Śląski, Polsko.
Železniční trať Katowice–Legnica.

Okna (okres Česká Lípa, Liberecký kraj).
Trať 080 Bakov nad Jizerou – Jedlová.

Brno hlavní nádraží (Brno, Jihomoravský kraj).
Trať 240 Brno – Jihlava,
trať 244 Brno – Hrušovany nad Jevišovkou, Moravské Bránice – Ivančice,
trať 260 Praha – Česká Třebová – Brno,
trať 300 Brno – Přerov – Bohumín,
trať 340 Brno – Uherské Hradiště.

Brno - Horní Heršpice.
Trať 240 Brno – Jihlava,
trať 244 Brno – Hrušovany nad Jevišovkou, Moravské Bránice – Ivančice,
trať 250 Praha – Havlíčkův Brod – Brno – Kúty.

Staré Splavy (část obce Doksy, okres Česká Lípa, Liberecký kraj).
Trať 080 Bakov nad Jizerou – Jedlová.

Nové Město na Moravě (okres Žďár nad Sázavou, Kraj Vysočina).
Trať 251 Žďár nad Sázavou – Nové Město na Moravě – Tišnov.

Doksy (okres Česká Lípa, Liberecký kraj).
Trať 080 Bakov nad Jizerou - Jedlová.

Mnichovo Hradiště (okres Mladá Boleslav, Středočeský kraj).

Týniště nad Orlicí (okres Rychnov nad Kněžnou, Královéhradecký kraj).
Trať 020 Praha – Velký Osek – Hradec Králové – Choceň,
trať 021 Týniště nad Orlicí – Letohrad, Častolovice – Solnice,
trať 026 Týniště nad Orlicí – Broumov.

Rychnov nad Kněžnou (okres Rychnov nad Kněžnou, Královéhradecký kraj).

Solnice (okres Rychnov nad Kněžnou, Královéhradecký kraj).
Trať 022 Častolovice - Solnice.

Rokytnice v Orlických horách (okres Rychnov nad Kněžnou, Královéhradecký kraj).
Trať 023 Doudleby nad Orlicí - Rokytnice v Orlických horách.

Hluboká nad Vltavou (okres České Budějovice, Jihočeský kraj).
Trať 190 Plzeň – Horažďovice předměstí – České Budějovice.

Dívčice (okres České Budějovice, Jihočeský kraj).
Trať 190 Plzeň – Horažďovice předměstí – České Budějovice.
Trať Dívčice - Netolice (dříve ozn. 193).

Mladé Buky (okres Trutnov, Královéhradecký kraj).
Trať 045 Trutnov - Svoboda nad Úpou.
Na této trati provozuje dopravu soukromý dopravce GW Train Regio a.s.

Seč (okres Chrudim, Pardubický kraj).

Královec (okres Trutnov, Královéhradecký kraj).
Trať 043 Trutnov – Královec – Lubawka/Žacléř.

Zrušená zastávka Topol na trati 016 Chrudim - Borohrádek, stávala mezi stanicí Chrudim město a zastávkou Tuněchody.

Vrchlabí (okres Trutnov, Královéhradecký kraj).
Trať 044 Kunčice nad Labem - Vrchlabí.